Évaluation environnementale écartée près d’une zone sensible, l’autorisation tombe et le juge peut refuser de régulariser

Un projet sous le seuil n’est pas un projet sans risque

Votre projet relève d’une procédure allégée, enregistrement d’une installation classée ou opération d’aménagement soumise au cas par cas. L’administration vous dispense d’évaluation environnementale, puis une association attaque. Deux ans plus tard, l’autorisation est annulée et le juge refuse de vous laisser corriger le dossier.

C’est ce qui est arrivé au porteur d’une unité de méthanisation dans le Morbihan. Par une décision du 28 avril 2026, mentionnée aux tables du recueil Lebon, le Conseil d’État a confirmé l’annulation de son enregistrement. L’affaire concerne une installation classée pour la protection de l’environnement (ICPE), mais son raisonnement vaut au-delà. Les critères appliqués sont ceux de l’annexe III de la directive 2011/92/UE, transposée à l’annexe de l’article R. 122-3-1 du code de l’environnement, qui gouverne toutes les procédures de ce type.

Un méthaniseur de 90 tonnes par jour en tête de bassin versant

La société Centrale Biométhane du Roi Morvan avait demandé l’enregistrement d’une unité de méthanisation de déchets agricoles et industriels à Guiscriff, pour environ 33 000 tonnes de déchets par an, soit 90 tonnes par jour. À ce volume, l’installation relevait de l’enregistrement, une « autorisation simplifiée » réservée aux installations dont les dangers peuvent en principe être prévenus par des prescriptions générales fixées par le ministre (article L. 512-7 du code de l’environnement). Le préfet du Morbihan l’a enregistrée le 16 janvier 2023, sans évaluation environnementale.

Le site présentait pourtant plusieurs fragilités, relevées par la cour administrative d’appel (CAA Nantes, 1er octobre 2024, n° 24NT00242). Le volume traité était très proche du seuil de 100 tonnes par jour qui fait passer ces installations au régime de l’autorisation. Les haies bordant les parcelles servaient d’habitat à des espèces protégées, et la société avait sollicité une dérogation pour détruire certains de ces habitats, ce qui relève d’un régime distinct dont on connaît les conditions d’octroi de la dérogation espèces protégées. Le projet se situait à 50 mètres d’une zone naturelle d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), en bordure d’une zone humide et en tête du bassin versant de l’Isole, dans des milieux interconnectés et très vulnérables aux pollutions. Le conseil scientifique régional du patrimoine naturel avait rendu un avis défavorable, jugeant les inventaires lacunaires et la compensation des 214 mètres de haies détruites trop faible.

Le tribunal administratif de Rennes avait rejeté le recours de deux associations, la cour de Nantes a annulé l’arrêté, et la société comme la ministre se sont pourvues en cassation. Le préfet pouvait-il traiter ce dossier comme un enregistrement ordinaire, ou devait-il le faire basculer dans la procédure de l’autorisation environnementale, avec étude d’impact, avis de l’autorité environnementale et participation du public ?

Examen au cas par cas, ce que le préfet doit vérifier avant de dispenser

Les trois familles de critères, sans exception

L’article L. 512-7-2 du code de l’environnement permet au préfet de faire instruire une demande d’enregistrement selon la procédure de l’autorisation environnementale lorsque, au regard de la localisation du projet, la sensibilité environnementale du milieu le justifie. Le projet est alors soumis à évaluation environnementale. Lu à la lettre, le texte ne vise que la localisation. Le Conseil d’État en retient une lecture plus large, conforme à la directive.

« Le préfet, saisi d’une demande d’enregistrement d’une installation classée pour la protection de l’environnement, doit se livrer à un examen du dossier afin d’apprécier, au regard tant des caractéristiques et de la localisation du projet que du type et des caractéristiques de ses incidences potentielles sur l’environnement, si le projet doit faire l’objet d’une évaluation environnementale » (point 3).

Le principe avait été posé en 2019 (CE, 25 septembre 2019, France Nature Environnement, n° 427145). La décision du 28 avril 2026 en précise la mise en œuvre. Les trois familles de critères sont celles de l’annexe de l’article R. 122-3-1. Il s’agit des caractéristiques du projet (dimension, pollution, nuisances), de sa localisation (zones humides, ressources naturelles, capacité de charge du milieu) et du type de ses incidences (ampleur, nature, intensité, probabilité). Le préfet ne peut en écarter aucune au motif que les prescriptions générales applicables à la catégorie d’installations auraient déjà réglé la question.

Le juge n’attend pas une étude d’impact pour constater le risque

La société et la ministre reprochaient à la cour de ne pas avoir décrit concrètement les atteintes que causerait le projet. Le Conseil d’État l’écarte. En relevant la proximité du seuil, la sensibilité des milieux, leur vulnérabilité aux pollutions et l’insuffisance des informations sur les écosystèmes situés en aval, la cour « doit être regardée comme ayant apprécié le type et les caractéristiques des incidences potentielles du projet sur l’environnement » (point 4).

La logique est cohérente. Ce filtre sert à savoir s’il faut une évaluation, pas à la remplacer. Exiger une démonstration précise des atteintes reviendrait à réclamer l’étude d’impact qui n’a pas été faite. Pour la même raison, le préfet n’a pas à se prononcer à ce stade sur les atteintes aux intérêts protégés par l’article L. 511-1 du code de l’environnement (point 5).

Les mesures d’évitement et de réduction ne rattrapent pas un dossier fragile

Le pétitionnaire avait présenté un catalogue de mesures préventives contre les pollutions et une compensation pour les haies détruites. Le Conseil d’État relève que la cour a conclu à la nécessité d’une évaluation environnementale « au surplus » après avoir « pris en compte l’effet des mesures d’évitement, de réduction et de compensation des atteintes à l’environnement envisagées par la société » (point 4).

La formule ne dit pas si ces mesures doivent être prises en compte à ce stade. Elle signifie que, même en les intégrant, la conclusion restait la même. Le critère h) de l’annexe vise d’ailleurs « la possibilité de réduire les incidences de manière efficace ». C’est l’efficacité des mesures qui compte, pas leur présence dans le dossier. Une liste de mesures sans démonstration de leur effet tend même à montrer que les incidences sont réelles.

Une annulation sans délai pour régulariser

La société demandait à titre subsidiaire que la cour sursoie à statuer pour lui permettre de régulariser l’arrêté. Le Conseil d’État rappelle le cadre. Saisi d’un recours contre un enregistrement, le juge peut surseoir à statuer en vue d’une régularisation, soit sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement lorsqu’il s’applique, soit en vertu de son office de juge de plein contentieux des installations classées (point 6). C’est une faculté, et son exercice relève de l’appréciation souveraine des juges du fond.

La cour l’avait refusée en raison de « l’importance du vice entachant cet arrêté, qui tient à ce que le projet en litige n’a pas été instruit selon la procédure de l’autorisation environnementale et n’a pas fait l’objet d’une évaluation environnementale » (point 7). Le Conseil d’État valide ce refus. Une évaluation environnementale suppose une étude d’impact, l’avis de l’autorité environnementale et la participation du public, dont le résultat peut modifier le projet. Elle ne s’ajoute pas au dossier en quelques mois. Les pourvois sont rejetés, et la société comme l’État versent chacun 1 500 euros aux associations.

Le contraste est net avec le contentieux des permis de construire, où la régularisation est devenue la règle et où un permis modificatif peut encore être demandé après l’achèvement des travaux. Ici, c’est la procédure elle-même qui manque, et elle ne se rattrape pas en cours d’instance.

La cour administrative d’appel de Douai avait déjà adopté une position voisine pour un méthaniseur de l’Oise. L’article L. 181-18 n’étant pas applicable, elle a refusé de surseoir à statuer eu égard au délai de dix mois qui lui est imparti pour juger, tout en limitant l’annulation au plan d’épandage, seul affecté par les vices relevés (CAA Douai, 6 février 2025, n° 24DA00735). Le même arrêt rappelle que le juge qui annule peut autoriser à titre provisoire la poursuite de l’exploitation. Pour les projets d’énergie et d’aménagement des Hauts-de-France, c’est désormais la grille de lecture à retenir.

Ce que porteurs de projet et collectivités doivent faire

La décision confirme que le juge du fond contrôle pleinement la dispense et que le Conseil d’État ne revient sur son appréciation qu’en cas de dénaturation.

• —Cartographier le site et l’aval avant de choisir la procédure. Zones humides, ZNIEFF, cours d’eau, haies et espèces protégées s’identifient à l’échelle du terrain et des milieux situés en aval. Un projet proche d’un seuil de la nomenclature sur un site sensible appelle une évaluation.
• —Documenter le dossier comme si l’évaluation était acquise. Inventaires faune et flore complets, analyse des écoulements, mesures chiffrées. Dans l’affaire jugée, les inventaires lacunaires ont pesé lourd.
• —Croiser les procédures. Une demande de dérogation espèces protégées ou l’avis défavorable d’un conseil scientifique sont des éléments que le juge retient pour apprécier la sensibilité du milieu. Pour les projets soumis à l’autorité chargée du cas par cas, le silence vaut obligation d’évaluation, et une dispense tardive ne remplace pas la décision implicite qui impose l’étude d’impact.
• —Respecter les délais de recours. Les tiers intéressés disposent de deux mois à compter du premier jour de la publication ou de l’affichage de l’enregistrement, l’exploitant de deux mois à compter de sa notification (article R. 514-3-1 du code de l’environnement, pour les décisions prises depuis le 1er septembre 2024).
• —Anticiper l’annulation si l’installation fonctionne déjà. Le porteur de projet peut demander au juge, à titre subsidiaire, d’autoriser la poursuite provisoire de l’exploitation le temps de reprendre la procédure.

L’examen au cas par cas reste un outil de simplification, tant que le dossier ne laisse pas entrevoir d’incidences notables. Au-delà, la dispense devient le maillon faible de l’opération.

Questions fréquentes